日本海具有弧后拉张盆地的性质，它是太平洋板块俯冲后，在外东北地区发生软流圈物质上涌，在岩石圈上撕开了一个大口子。这种弧后盆地会造成岩石圈的拉张断陷，偶尔会发生基性岩浆的大量涌出，形成洋壳和深水洋盆。
在太平洋西岸，由于太平洋板块从侏罗纪晚期就开始向欧亚大陆俯冲，在白垩纪时期引发了一系列具有弧后盆地性质的中新生代拉张盆地开始形成。除了始于2500万年前的日本海盆地之外，从晚侏罗开始形成的松辽盆地（
今松辽平原所在区域）
也曾经是类似的大型弧后拉张盆地，而环渤海湾盆地（今华北平原所在区域
）同样被认为具有较弱的弧后拉张性质。只不过，随着
俯冲带逐渐东移，引起弧后拉张的深部物质上涌也随之东移
。所以，如果说松辽盆地和环渤海湾盆地是第一代太平洋西岸弧后拉张盆地的话，日本海实际上就是第二代，而且似乎有点青出于蓝的意思。南海盆地也大约是在日本海拉张的时候开始拉张，或许不仅仅是时间的巧合，但我对南海盆地的性质了解还不多，这里就不妄作揣测了。日本除了是个大型弧后拉张盆地之外，它
还在盆地的北部发育出了少量的洋壳
，已经可以被认为是一个新生大洋了。这一点，在不考虑盆地是否具有弧后性质时，与南海盆地是很类似的：南海盆地也出现了少量洋壳，可以认为是一个新生大洋了。日本列岛是一个大陆岛弧，它并非仅由俯冲带后方喷出的岩浆形成，而是还具有从东北亚地区撕裂下来的陆壳
。大约2500万年前，日本列岛的核心开始从东北亚撕裂，并逐渐旋转移动到现在的位置，其间伴随着着岩浆物质不断涌出，围绕陆壳的内核开始不断增生。图片出处：
Formation history of the Japanese Islands (4) -- GLGArcs
最后，回到问题本身：
日本海为什么这么深
：因为它是大型弧后拉张盆地，数千万年的岩石圈快速减薄拉张让它变成深水盆地。日本海底部有没有洋壳
：有，所以它已经具有大洋性质。日本海是怎么来的
：由于俯冲引起地幔深部物资上涌，受其影响，从东北亚大陆上凭空冒出来
的一个大盆地。与太平洋海底没有直接关系，只与太平洋的海水有关系。加个戏：
日本会沉没吗：
即使考虑到陆壳岩石的局部俯冲作用，还考虑到苏鲁大别地区的超高压回返现象，日本列岛作为依托陆壳核心逐渐增生的岛弧，仅有可能在太平洋或日本海完全闭合后，作为陆壳岩石的一部分发生局部俯冲，不具备全部俯冲沉没的条件。然后最后一般还会被吐出来：密度太低，咽不下去……
可以自古以来吗
：如果这个古从白垩纪开始算的话……自然是可以的……