董其昌思想绘画来自于苏轼和赵孟。苏轼在一些理论著作中鲜明的指出文人画家和画工画家之间的区别，看文人画家的画，就好像是看天底下最美的马匹，文人画家只是把他们身上所具有的精神气质给表现出来。因此，无论这些画作有多少，怎么看都不会产生厌烦的感觉。但是工匠画家他们只是表现画面上事物的一些基本的特征和真实的情况，没有融入他们的思想，情感和作用。他们只是机械的反应自然，所以看他们的画，看不到两三个就觉得非常无聊了。
赵孟也曾经说过同样的理论，他提出隶家和行家的区别，他在这里所说的行家，就是指的专业画家，他说的隶家指的是业余的画家，而赵孟认为，所谓的文人画，其实就是指那些业余的画家，而文人画之所以比较好的原因，就在于他们能够表现事物真实样貌之外，还蕴含着艺术家的精神风貌，这就是为什么文人之所以是业余的画家，但是他们的作品还是有非常好的欣赏能力和艺术价值的原因。
但是就如我们前面所言，董其昌的这个理论并不具有完全的客观性，它存在着很多缺陷，很多人提出了许多质疑的观点。
对于南北宗理论的怀疑，是最近才开始的事情，如今一些美术史家认为南北宗论是主观臆断，并不符合实际，我们说这个问题的意义在于中国山水画以及艺术流派发展的面貌究竟是怎样的，只有我们搞清楚了这个问题，才能够准确地判断南北宗论它的艺术价值究竟在哪里。
在董其昌看来，山不必多，以简为贵，南宗山水具有阴柔灵秀，圆润简单的特点，而北宗山水具有刚硬，雄壮，遒劲的特点，如果以此为标准来区分南北宗，那么王维，董源、巨然等归到南宗勉强说的过去，然而以此标准，荆浩，关仝，范宽等人划入南通，就完全说不通了。范宽生活在北方，画的是崇山峻岭，是北方刚硬的山石，根本没有南宗山水的柔润秀美的特色，那么这就不能把董源、关仝、范宽等人看做是南宗的画家。因此，董其昌把山水墨画比作南宗，将刚硬雄壮的山水画比作北宗这是主观臆断的。
我们知道中国的山水画形成独立的画种，是从东晋南朝时期开始的，以宗炳，王微为代表，宗炳，王微的画论是文人画的主张，他们提出了抒发自己情感和畅神的山水画的功能理论，如果说文人画的始祖是宗炳、王微，也未尝不可。他们的见解为后来的苏轼所继承。宗炳王微的时代，还是青绿山水，如果真的如董其昌画分南北二宗，从王维开始，那么，隋代展子虔的游春图又该放在何处呢?如果以青绿山水作为划分画派的重要标准，那么展子虔代替李思训的地位而成为青绿山水的始祖就顺理成章了。展子虔是唐之山水始祖是有一定的道理的，但是董其昌把李思训比做青绿山水的创始人，可能有两种原因，一是明代的人没有看到展子虔的作品，另外一个原因就是他们误解了有关的理论，比如张彦远所说的山水之变，始于吴，成于李。张彦远说的是山水画成为独立画科的发展历史，并非说山水青绿画始于二李，把李思训看作青绿山水的鼻祖，是不符合历史史实的，同样道理，把王维看做是水墨山水画之祖，也证据不足。
纵观艺术史，一个风格流派的形成，最主要的是画家对于现实生活有共同的理解和感受，在艺术上有共同的审美风格不是形成艺术流派的最主要的因素。五代北宋荆浩关仝写北方山水，以雄伟的气势为代表，有共同的风格追求。南方以董源，巨然为代表，描绘水乡的风景，崇尚平淡天真，是另外一种风格。创立南北宗论的莫是龙董其昌，陈继儒，沈颢四个人，他们用艺术风格来划分艺术流派，可是从唐朝到明朝，山水画的风格几经演变，画家对于自然景物的态度，审美情趣也有种种差异，在这么长的历史时期，只用两个画拍风格来划分山水画，难免有些牵强附会。
虽然说南北宗有很多缺陷，但是南北宗论也是有一定的艺术价值的。当代中国山水画的发展遇到了前所未有的困境，清代以前，画家的争论与思想上的论点方法上的探讨，存在一定的门户之见，争论的焦点主要是传统的正宗与否，对于传统中精华，人们并未放弃和否定，并得到了很好的继承。五四新文化后，中国画的争论是中西之用，焦点是如何借鉴西方绘画的写实技巧来改造中国的绘画，最终还是洋为中用，古为今用，对于中国画的传统，也不曾动摇。改革开放到今天，传统文化面临着市场经济大潮和西方后现代主义的强烈冲击，比历史上任何时期都来得更加强大和迅猛，中国山水画的发展又一次面临严峻的挑战。
但我们应该清醒地认识到，中国画的发展，除社会发展变革的因素以外，还有自身的发展规律，那就是它的历史继承性。我们不能够割断历史，今人创造是总结前人的基础之上发展起来的，中国画的继承，离不开对前人的研究，对于传统技法的研究，对传统审美意义的研究。董其昌的南北宗论，标志着文艺理论所创造的文献整理与原作临摹相结合的研究方法，为当代中国化研究开启了新的思路。
董其昌为研究南北宗论，留下了许多极其珍贵的手稿笔记，对于中国画学理论研究仍具有十分重要的意义。除此之外，在董其昌南北宗论中，对于中国传统绘画技法的研究同样宝贵。董其昌不仅重视学习传统，同时又重视艺术的感悟，主张把继承与创新结合起来，他的这些理论与实践，对于当代中国传统技法的学习和研究有重要的意义和价值。
董其昌的艺术理论结合了儒家道家和佛家的基本思想和审美情趣，他把这些理论和思想和与南北宗的山水画融为一体，阐述南北宗山水画的意境美，使之成为南北宗山水画的审美追求。这正是当下画坛急功近利的风潮下不可或缺的艺术境界。这些都是我们研究董其昌南北综论重要的文化艺术价值。