1.黄河源区主要生态问题
1.1植被退化，草原承载力下降。上世纪70年代以前，黄河源区覆盖着大量的高山草原化草甸和高寒沼泽化草甸，密实如毯，草丰畜肥。70年代以后，黄河源区植被普遍日益退化，目前退化达到了可利用面积的25-46%，其中严重退化面积约占退化总面积的27%。部分草场甚至退化到毫无利用价值的次生裸地“黑土滩”，其面积目前已达213万公顷，约占黄河源区土地面积18%。
1.2水土流失加剧，土地荒漠化面积扩大。黄河源区水力侵蚀、风力侵蚀、冻融侵蚀和重力交错并存。随着人口的增加和社会经济的发展，黄河源区各种开发建设项目逐渐增多，人为活动不同程度地破坏了部分优良草场和天然植被。非法淘金、采药、挖沙以及对原生植被的滥伐滥垦，也造成黄河源区植被大面积破坏，进一步加剧了水土流失土地荒漠化，使本来脆弱的生态环境日趋恶化。
1.3湖泊和濕地萎缩。由于黄河源区植被大面积破坏，水土流失严重，源区水源涵养调节功能明显下降。表现为湿地缩小、湖泊萎缩、径流减少。大片沼泽地消失，泥炭地干燥并裸露。据调查，2000年沼泽湿地及湖泊面积比1976年减少了近3000 km2。近年来黄河源区许多小湖泊消失或成为盐沼地，湿地变为旱草滩。
1.4草原鼠害猖獗。由于草场退化和沙化，鼠类天敌赖以生存的条件逐渐消失，致使鼠害猖獗，造成经济损失严重。据调查，青海省鼠害发生面积已占可利用草地面积29%；果洛州平均每公顷有高原鼠兔120只、鼠兔洞口1625个，每年消耗牧草47亿斤。鼠类在草地上的啃食掘洞造成大面积的裸地，形成寸草不生的“黑土滩”。
1.5高原生态系统日益脆弱。高原高寒生态系统类型十分脆弱，生态系统结构简单、生产力水平低、稳定性差和自我修复能力弱，容易因外界因子的干扰和破坏而发生变化，恢复难度极大且恢复过程缓慢。近年来随草地退化，优质牧草的比重下降，可食牧草产量大量减少。随着草地植被的密度和高度下降，诱使鼠兔迁入，加上有害药物的长期使用和人类捕猎鹰、蛇等鼠类天敌数量下降，生物多样性逐步丧失。
2造成生态环境问题的成因
2.1全球气温升高、气候变化异常的影响。如太阳黑子活动、温室效应对地球物理变化的影响，总是在地球环境敏感地带或地区首先反映。青藏高原作为地球的敏感地带，被称作地球第三极，而处在第三极的黄河源头地区生态恶化既是对地球物理变化的回应。20世纪90年代以来，气温升高、降水减少的趋势明显，汛期降水减少对黄河水资源量的影响大。气温升高也使地表蒸发量增加，土壤含水量减少。使得植物生长受到限制，引起草场退化。此外黄河河源区土壤形成过程缓慢，土层薄，由于干湿交替和冻融交替，导致地表和近地层土壤断裂，使植物死亡而易形成裸地。水资源的减少对草地退化和土地沙化起到了推动作用。
2.2人类活动带来的影响。黄河源区人口数量的增加和人们生活水平的提高，加大了对草地的压力。1980-2003年，源区人口增长率达20%以上。人口增加和生活水平提高，牧民增养家畜、扩大放牧范围就成为必然选择。随着牲畜的急剧增加，草地负载加重，天然草场得不到休养生息的机会，造成草地退化和土地沙化。无规范的淘金、采药、挖沙以及原生植被的滥伐滥恳，造成源区植被日趋减少，使本来就十分脆弱的生态环境日益恶化。
3.黄河源区生态环境治理对策
黄河源区生态问题产生是气候变化和人类活动共同作用的结果，气候变化是人为不可控的，但气候变化具有周期性，干湿交替和冷暖变化使得恶化的生态环境拥有一种自我调节机能；要把这种自我调节机能变为现实，控制人类不合理的活动和适当的草原生态治理几乎是唯一选项。
3.1加强基础数据观测，采取先进方式进行生态变化监测、探索变化规律
截止2013年黄河源区已有黄河干流水文站6个，支流水文站5个，人工及自动雨量站45个，现需要对已有的各类观测站进行有效的管理和养护，改善和适当增加水资源监测站及配套雨量站，使其能准确收集到各种情况下的水资源资料，更好地为流域内生态环境、生态的保护和改善、以及黄河源头生态屏障建设发挥更大作用。今后要进一步采用各类先进方式进行生态环境变化监测，整合各类观测资料，加强科研力量探索黄河源区生态环境变化规律。
3.2加强生态环境保护的教育与宣传，提高对生态环境问题的认识和保护意识
采取多种手段，进行广泛的宣传教育，提高决策者、管理人员和当地公众对生态环境保护与建设重要性认识，认识当地生态环境的脆弱性和破坏容易修复难的特点，树立生态环境忧患意识和可持续发展意识，增强生态环境保护的责任感和紧迫感，提高公众参与生态环境保护与建设自觉性。
3.3制定黄河源区保护管理办法，出台有关政策，加强监督，防止认为破坏
黄河源区环境保护它不会立竿见影地为参与者带来效益，而且还会妨碍到某些人的利益，为了切实开展黄河源区生态环境保护工作，依据《水法》等有关法律制定黄河源区环境保护管理办法，出台有关政策，组建保护执法队伍，坚持预防为主，保护优先的原则，加强对从事可能引起生态环境破坏的生产建设单位和个人的监督管理，切实有效防止认为破坏。
3.4增加资金投入，实施对不同黄河源区生态功能区有针对的保护建设措施
黄河源区生态环境的保护和建设，关系到全流域生态环境和社会经济问题，是一项重大的社会公益性系统工程，因此要进一步加大对源区生态建设的投入。通过产业开发生态补偿方式，特别是非农产业开发；创造新的生产门路。使牧民从游牧转向定居、从放牧经济走向工业经济，实现经济社会的转型。杜绝在经济发展与生态环境保护发生矛盾时，经济发展优先，形成边治理边破坏的局面。
3.5发挥自然调节功能，加大生态修复和预防保护力度
以小治理大封禁为指导思想，以恢复自然生态、保护生物多样性为主要目标，充分发挥大自然自我修复能力，加大生态修复和预防保护力度；结合国家在黄河源区实施的退牧还草、天然林等保护工程，保护和恢复天然森林、草地植被，加强水源地保护，增强蓄纳降水、洪水的能力，保证河源正常径流；保护好源头湿地，保护生物多样性；以小流域为单元，在城镇周边开展小流域综合治理，减少泥石流对城镇产生的危害，在草场退化、人蓄活动较频繁地区，实行轮修轮牧，进行人工种草，草场围栏建设，草原节水灌溉建设和饲草基地建设，发展舍饲养畜，同时要加大草原灭鼠工作，使游牧民逐步定居，实现该地区经济社会可持续发展。